بعد از 15 سال فعالیت درمانی مرکز آموزشی درمانی فاطمه الزهرا(س) و به موجب تصمیم متخذه یکصدونهمین جلسه مورخ20/6/1387شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی وزارت متبوع با توجه به کسب امتیازات لازم و صدور حکم موافقت اصولی در تاریخ فوق الذکر، مرکز تحقیقات بهداشت باروری و ناباروری در داخل مرکز راه اندازی گردید. در تاریخ 23/2/1392 موافقت قطعی مرکز تحقیقات از سوی وزارت متبوع صادر گردید. عمده فعالیت های  مرکز ، تحقیقات و پژوهش و انجام پروژهای تحقیقاتی بالینی و پایه در حیطه بهداشت باروری  است که در این مرکز در حال اجرا می باشد . مرکزشامل تیم پژوهشی(پزشکان و کارشناسان)، آزمایشگاه تخصصی(سلولهای بنیادی درناباروری) ، کتابخانه، شبکه اینترنت وسالن کنفرانس می­باشد. لازم به ذکر است، این مرکز مجوز برگزاری دوره دکتری تخصصی- پژوهشی(PhD by Research) در سال 1390 با پذیرش 6 دانشجو دریافت نموده است.